除了散热效果之外，散热系统的风机的工作噪音也是人们普遍关注的问题。风扇噪音是风机工作时产生杂音的大小，受多方面因素影响，单位为分贝（dB）。测量风机的噪声时需要在噪声小于17dB的消音室中进行，距离风扇一米，并沿风扇转轴的方向对准风扇的进气口，采用A加权的方式进行测量。风扇噪声的频谱特性也很重要，因此还需要用频谱仪记录风扇的噪声频率分布情况，一般要求风机的噪声要尽量的小，而且不能存在异音。  
      散热风机噪音与摩擦力、空气流动有关。风扇转速越高、风量越大，造成的噪音也会越大，另外风机自身的震动也是不可忽视的因素。当然高品质的风扇的自身震动会很小，但前面两个者却是难以克服的。要解决这个问题，我们可以尝试使用尺寸较大的风机。应在在风量相同的情况下，大风机在较低转速时的工作噪声要小于小风机在高转速时的工作噪声。另外一个我们容易忽略的因素是风机的轴承。由于散热风机高速转动时转轴和轴承之间要摩擦碰撞，所以也是风机噪声的一个主要来源。